敏感性皮肤或光敏感疾病、正在服用或外用光敏感药物者以及孕妇等为禁忌证。
由于光子治疗痤疮的原理在于清除痤疮丙酸杆菌，治疗后可以改善痤疮的炎症反应。对于一些无细菌的毛孔阻塞、粉刺、瘢痕及色素沉着等应用光子治疗效果不佳，对于较大而深在的囊肿及结节皮损则不适合做光子照射治疗。